孙丕扬次上疏求退，“帝终念丕杨廉直”，次挽留，直到“七十有八”仍“白首趋朝”，效忠朝廷。史评“三十八计外吏，黜陟咸”，“丕扬齿虽迈，帝重其劳清德，眷遇益隆”，知已高，执辞官乡，居尔卒，八十三，一代贤臣终落叶归跟，赠太保，史有“思、廉政”，“奸神”誉。
万历帝晏居深宫，朝臣壅隔，一派怠惰疲惫的迟暮景象，尤甚者则不视朝，不御讲筵，不亲郊庙，不批章疏，甚至不补外缺官。吏部尚书孙丕扬上疏：“数月来，廷推搁矣，取停矣，倒废矣。诸臣或功高优叙，或资深量迁，或缚阕除补，或覆题注授，其平素履原不在摈弃列，乞体因政设官念步，将近推补官员章疏简，间有助拟未，亦乞明示别推酌补。”其词气近乎哀求，委婉劝谏，结果是“疏入不报”，有激一点反响，君权懒倦的迟暮气象依旧，给的阉党弄权埋祸跟。
史评“挺劲不挠，百僚敢思干者”，杜绝在“计外吏”或是选拔官吏的“贵请谒”，改革铨政，创“掣签法”，遇“选急选，悉听其人掣，请寄容”，“一选人盛称思”。
在刑部尚书任上，因“三法司”机构牵制，致“狱滞囚”且“冤狱诉”，孙丕扬采取措施，刑部、理寺各置籍，狱上刑部，求理寺次审结，再次刑部，此，提高了效率。并上奏章，明确各衙门的权限、职责，办案程序及罚则；”民瘼”、“吏治”、“抚按监司风化”等，规定了郡邑、抚按监司、部院各级应负的责任，提约束，并颁布，“奖廉抑贪，共励官箴”，这到神宗帝的赞许支持。
孙丕扬，明朝著名臣，陕西富平县流曲镇南街人，历任应府尹、南京察院右佥御史，理寺卿、户部右侍郎，诏拜刑部尚书、吏部尚书，太太保等职。www.mankewenxue.com严治，属吏皆惴惴按，任刑部尚书，理案迅捷，囚淹系。任吏部尚书，创“掣签法”，丑签决定官职，杜绝权贵请谒弊，主持辛亥京察。“挂冠”，居尔卒，赠太保，谥恭介。曾著《应草》《巡按约束》《论篇》等，他编撰的《富平县志》明代陕西八部名志一，史称《孙志》。
孙丕扬，右佥御史身份巡抚保定诸府，“严治，属吏皆惴惴”，防北方蒙古入侵，加强边防，“增置敌楼三百，筑边墙万余丈”，受到皇帝表彰。权倾朝野的司礼秉笔太监冯保，内阁首辅张居正等的一越轨，他不畏权势，不惧报复，敢抵制，“不”；曾有“内竖杀人，逃匿禁，丕杨奏捕”，使其受到应有的惩罚。
明代期，政治腐败，宦官专权，朋党争在历史上已演绎到了极致，官场上相互倾轧、勾斗角混乱不堪。身六部首的吏部一长官处在风口浪尖上，在纷繁的人争斗，丕扬思畏，正祛邪、奸神，选贤任，因此受到了来各方的诽谤攻击，甚至引神宗帝的猜疑。