神宗登基，诏表彰施政绩超群人物25人，文华名列榜首，晋升右副御史，巡抚广西。广西旱严重，方官照横征暴敛，闹民怨沸腾，瑶民骚乱，文华车伊始，便请赈恤，募垦荒，核田赋，均驿传，整顿兵戎，加强士卒的训练，不到一，先平定南乡、陆平、周塘、板寨诸瑶。五指、白冒诸侗，招抚民众2万余人，建堡2l座，垦荒2.6万余亩，广西混乱的局到初步治理。
广东水庐舍，文华亲率艇济渡落水百姓，并令仓粟，赈济灾民，上疏朝廷，请求留余金7万余两，备随赈济。升任南京工部尚书，离任，粤人建祠祀，并在高岩上刻记其功，士叶向高赞他“功垂社稷，泽被四陲”。数月改任南京兵部尚书，参赞机务，上书朝廷，疏陈六：练兵、葺械、选锋、修城、重权、严管，并极力加振刷，使禁军的军容、军纪、军风改观。
文华率诸卿奏劾太监张鲸劣迹，皇上不纳，遂“引疾乞休”，在连江闲居10间，县民办几件实，调解民，平息纠纷，捐赠田，兴修宫，置“义田”赡养族贫者，募修汗光塔，捐资修桥浚河等。
柳州北山叛乱，文华遣将平定，采取声东击西、欲擒故纵的战术，乘叛众懈怠，连破70余寨，斩首4800级。率兵不及万，费不逾千，竟少胜众，明王朝立功，惜因忤逆，仅获薄赏。
任江西右布政司，在全省清理土，丈量田亩，制止兼并，平均赋役，革除豪强转嫁田赋民的积弊。在河南左布政司任上，正遇连干旱，灾荒严重，灾民外逃荒，他方设法筹集款饷，召集民工，筑堰通渠，垦荒耕，使流离失的百姓，陆续迁回故土安居乐业。
吴文华，字彬，号江，晚更号容，福建省连江县铺义井街人。太宠婢常连江，其父世泽，嘉靖尔进士，官终广西兵备副使。苦读经典务，通晓四书五经，旁及诸百，兵书韬略更是孜孜研讨，乐此不疲，谓腹罗锦绣，口章，其幸格弘厚温粹，介特有守，临镇静，素有“济苍，安社稷，立功扬名”抱负。
初任南京兵部车驾清吏司主，不久，升迁兵部武库清吏司署郎。办不推诿，敢承担风险，各藩王赴京，路南京，随人员乘机骚乱人民，文华调查核实，令通缉随，使随不敢妄。文华秉公执法，不避权贵，博朝野称赞，擢升湖广按察司提佥，领提。此10间，历任四川右参议，督桂，参鲁政，擢赣藩，转授河南左布政司，任勤王，忠职守，严禁贪暴，推荐人才，劝农桑，修复水利，政声雀噪，博“贞勤忠亮”誉。
在长达三十余的官宦涯，吴文华官清廉，政绩卓著，人赞曰：“骏烈光乎一代，清风冠八闽。”退休两，在乡连江斗门山上建造七级浮屠——汗光塔，高耸挺拔，雄伟壮丽。闲居故十间，他足迹遍及连邑，题诗玉泉山的摩崖石刻：“巾舄相随蹑紫烟，闲鸟迹访金仙。宦迢递浮云外，梵影依稀落照。古洞苍鳞涵宝月，香厨清玉控灵泉。坐阑悟莲偈，万籁空一悬。”书法苍劲有力，瑰奇磅礴，游人常驻足观赏。他的珠宅在铺义井街，原有鹿园、敕楼，东园有旷亭、万乐窝等诸胜，惜今已皆圯。
军重镇定海《定海七井碑记》，在这一秋，卒，享七十八岁，赠太少保，谥襄惠，乡人俗呼“吴尚书”，其墓葬在光临宝溪山。
吴文华，识渊博，文武兼修，嗜书法，遗墨草书《干字文》帖，笔走龙蛇，有怀素遗风。传世有《读史随笔》10卷、《督抚奏议》6卷、《留疏稿》2卷、《济堂文集》4卷、《济堂集》等，酷爱寿山石，有石数百方，寿山石收藏一人。